Rude wiewiórki to dość częsty widok w polskich lasach. Mimo to zwierzęta te podlegają ochronie gatunkowej. Choć w Polsce ich populacja wydaje się być bardzo duża, na świecie są miejsca, gdzie to – szczególnie lubiane przez dzieci – zwierzę zagrożone jest wyginięciem. Takim miejscem jest m.in. Wielka Brytania.
Paradoksalnie, obecnie największym zagrożeniem dla wiewiórek pospolitych charakteryzujących się rudym kolorem sierści, jest ich kuzynka – wiewiórka szara. Została ona sprowadzona do Anglii z Ameryki Północnej w XIX wieku i od tej pory udało jej się „przejąć” 90% terenów Anglii i Walii, a także zadomowić się w Szkocji. Wiewiórki szare są wszystkożerne i bardzo agresywne. Jeśli ich terytorium pokryje się z populacją wiewiórki pospolitej, ta druga traci około 2/3 swoich zimowych zapasów. Przez to wiele osobników nie przeżywa mroźnych miesięcy.
Populacja rudych wiewiórek mimo ochrony wciąż się zmniejsza – jest ich 66 razy mniej niż szarych. Bardzo prawdopodobne, że niedługo staną się już gatunkiem ginącym.